主流与反思主义理论之间存在着认识论上的差距，不同的认识论基础通过方法论表现出来，其中作为新现实主义与新自由制度主义认识论基础的“实证主义”通过行为主义革命对主流国际关系理论在方法论上的影响最大。结果，在逻辑实证主义的影响下，讲究科学方法论的新现实主义只继承了经典现实主义的命题与假定，却丧失了原有的批判性反思功能。同理，新自由制度主义大幅接受新现实主义的基本命题与假定，从而导致了理论的保守化，使之沦为新现实主义的“补修范式”。这样就根深蒂固地阻碍着与反思主义理论的范式间沟通，而范式间对话才是使主流国际关系理论“恢复”“实证精神”的关键所在。